یکی از معضلات پیچیده زعفران، صادرات ماهانه یک تا دو تن محصول به کشوری است که وارداتش را ممنوع کرده است. در ادامه این صادرات قانونی،زعفران ایرانی به‌نام افغانستان به کشورهای دیگر صادر می‌شود.
وزارت صنعت و تجارت حکومت طالبان در واکنش به سخنان محمدرضا اردیخانی، عضو هیات مدیره صندوق توسعه صادرات زعفران ایران گفته است «افغان‌ها دلیلی نمی‌بینند که با زعفران‌های بی‌کیفیت، وجهه زعفران افغانستان را در بازارهای بین‌المللی آسیب بزنند.»
رئیس اتحادیه صادرکنندگان زعفران یکی از راه‌های جلوگیری از قاچاق زعفران را فروش ارز حاصل از صادرات با قیمت توافقی عنوان کرد و گفت: دلیل قاچاق این محصول در کشور ما موانع صادراتی است که با به کار بردن راهکارهایی می‌توان این معضل را تا حدودی مرتفع ساخت.
